Der Priester Brendan Flynn (Philip Seymour Hoffman) und die Nonne Aloysius Beauvier (Meryl Streep) könnten unterschiedlicher kaum sein: Die Schwester führt ein strenges Regiment, glaubt an feste Regeln und die Macht der Furcht. Anders der charismatische Flynn, der eher liberale Ansichten hat und frischen Wind in die Einrichtung bringen möchte. So setzt er sich auch mit ganzer Kraft für den ersten farbigen Schüler der Schule Donald Miller (Joseph Foster) ein. Beauvier beäugt Flynn misstrauisch und setzt schließlich die Ordensschwester James (Amy Adams) auf ihren Vorgesetzten an. Eigentlich mag James den Pater und hält ihn für einen guten Menschen. Doch dann beobachtet sie etwas, dass auf den Missbrauch des Jungen durch den Priester hindeutet. Beauvier sieht sich in ihrem Verdacht bestätigt und geht mit aller Kraft gegen Flynn vor…