Die Boxtrolls sind friedliche Kreaturen, die im Untergrund der Stadt Cheesebridge leben und sich nur bei Nacht an die Oberfläche trauen. Ein Menschenjunge wurde von ihnen aufgenommen, der mittlerweile elfjährige Eggs. Weil die arroganten Bewohner der Stadt die Boxtrolls loswerden wollen, entführt der fiese Archibald Snatcher Eggs' Adoptivvater. Um ihn zu retten und seine "Familie" vor Schlimmerem zu bewahren, wagt sich Eggs bei Tag in die Stadt.